军队需要总结实战经验教训，而负责军工生产的工程师们也得总结实战中的各类武器的实战效果。
神机营的指挥使汪茂才现在几乎就住在军械局的火炮司里，与孙义等技术人员没日没夜的谈论如何让火炮更好的运用于进攻，如何改进火炮的稳定性机动性等问题。
杨真永现在也成了军械局内枪械司的常客，里面的讨论更为激烈，常常传来争吵声，不过大家并非是真的动气，他们是在为如何改进枪械而进行友好而激烈的争论呢！
尽管如此，禁卫军的官兵们，尤其是各指挥使们对新武器的热情越来越高涨，对军械局也越来越认同，但是朱厚照能够明显的感觉到，军械局的作用越大，其局限性也就越明显。
说的明白点，这就是理论发现和实际应用的问题，军械局所解决的都为实际问题，都是一些技术上的问题，他们可以在现有的火炮基础上进行改进，使得火炮炮弹可以发射的更远，火炮的炮身更灵活等，也可以通过实验使得新式火枪的射程更远稳定性更佳，但是归根结底，他们所做的工作也只是一些改良性质的实际应用，并不具有突破性，也不具有前瞻性和革命性。
从改良上升到真正的技术与工程性的问题，又是一个新的台阶新的层次，军械局到这一层面上还能勉强应对，但是其作用就已经不明显了，真正的理论研究和科学发明与发现的问题，实际上在军械局内还没有真正进行过探讨，无论是京师制造学堂里出来的技术人才，还是孙义这种曾在江南制造局里历练过的人才，他们都只能算是实用型技术导向性人才，每天想的也都是一些实际的技术问题，这对于大明的科技发展虽有帮助，但是却不会使得大明的科学产生质的飞跃。
技术革命的源头是在基础性研究之上，因此，朱厚照在慎重考虑之后，宣布成立皇家科学院，以负责科学理论的基础性研究，由于其作为基础科学研究的地方，自然是以探究自然哲理为目的，朱厚照并未给皇家科学院下达特定的目标命其限期去完成，在朱厚照看来，皇家科学院只需要输出新的观点与知识，为科技发展带来新鲜血液和想法即可。
但是这也就造成了皇帝陛下给皇家科学院设立了很高的准入门槛，并非是杨廷和所想象的只需要翰林出身，两榜进士即可进入皇家科学院工作，同时皇家科学院院士的评选，不是仅仅依靠考试就行了，考试通过者今后进入的乃是大学堂，在大学堂内做出突出贡献的，或者是思想水平达到了很高的境界，经过考核之后，方能授予皇家科学院院士的头衔，并享受布政使一级的待遇！
除了皇家科学院之外，朱厚照还宣布设立皇家工程院，设立皇家工程院的目的是为了从皇家科学院的理论基础研究中获得灵感，并进而与生产力结合，研发出各种超时代或有极大利润空间的产品。
虽然皇家工程院院士的准入门槛稍稍降低了那么一丁点，但是其准入门槛已然很高，同时被授予皇家工程院院士的学者，也将享受布政使一级的待遇！
这样一来，大明就形成了从皇家科学院到皇家工程院，再到军械局、江南制造局等的创新体系，也即是从基础性理论研究到实验探索再到应用研究和创新，然后到生产力转化这一整套的理论体系得以建立了起来，只要有了完整的科学技术革新体系，就能建造出完整的工业体系，进而从根本上改变大明的主要生产力方式，并脱离对小农经济的依赖，使得大明的发展和改革创新步入实质性阶段。
朱厚照此举虽然得到了许多底层士子的拥戴，并且他们也都向《大明日报》投稿表示自己愿意投身于科学技术创造和科研的道路上去，但是朱厚照的这一举动并未得到百官的拥戴。
在文官们看来，尤其是在翰林院和国子监众人看来，皇帝陛下此举无疑是在践踏文官的官职体系，破坏儒家对学术的垄断权威。
不过最终倒霉的乃是教育部部长杨廷和，因为现在皇家科学院和皇家工程院所同时授予的院士，只有杨廷和一人，这样一来，他自然是成了靶子了。
某些御史甚至率先发动了对杨廷和的弹劾，这是杨廷和自入阁以来，所遭受的最大的也是最危险的一次弹劾，那些御史们自然不敢对皇帝陛下朱厚照提出直接批评，于是杨廷和就成了替罪羊。
不过，朱厚照并没有管这些御史对杨廷和的弹劾，所有的折子自然是留中不发。
好在朱厚照考虑到传统地主士绅阶层过于庞大，他现在既不能也不敢就这样推翻了流传上千年的儒家体系。因此，他将那些弹劾杨廷和的一众御史中的某位名声并不算太好的御史，提为太常寺卿。这样一来，御史们的焦点立即发生了转移，他们都不再关注杨廷和和皇家科学院以及皇家工程院的事情了，全都转而去找新任太常寺卿的麻烦去了。
除此之外，因教育部的设立和科举制度的改革之事早已步入了实质性阶段，特别是教育部整个部门的各项建制都已基本完善，作为负责科举改革和考试制度改革的部门，教育部敏锐的觉察到科举制度的改革势必会对已经勤学四书五经程朱理学之流的诸多学子有些
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