，只是将大通学堂学员遣散；然后，从容地将枪械藏匿。
与此同时，曾与秋瑾一起东渡日本留学的同乡胡道南将探知的光复会欲举事的情报密告了绍兴知府贵福；贵福急向浙江巡抚张曾扬禀告，并率三百清兵将大通学堂包围。
待秋瑾办妥一切后，已再无脱身的可能了。
接着，清军破门而入，只见秋瑾静待于内室泰然处之。
秋瑾与十九名光复会同仁被捕后，面对刑讯大义凛然只字不供；只是写下了令人泪下的“秋风秋雨愁煞人”的词句，其忧国忧民之心跃然纸上。
浙江巡抚张曾扬恐夜长梦多，《电》令贵福“速行处决”；于是，两天后的七月十五日凌晨，鉴湖女侠秋瑾在绍兴的轩亭口就义，年仅三十二岁。对于出卖秋瑾的胡道南，光复会员恨之入骨了；不久，浙江嵊县人王金发将胡道南刺杀在家中，这才给秋瑾报了仇。
正当革命党人前仆后继浴血奋战之时，同盟会内部却发生了一次倒孙风潮。
原来，一九○七年初，日本政府为了使孙中山离开，给了他五千元作为旅费；同时，日本股票商人铃木久五郎出于对中国革命的同情，也赠送了一万元。
孙中山接受了赠款，离开日本时留下二千元作为《民报》的维持费，其余的则用于购置军械了。
然而，时任《民报》主编的章太炎觉得所留经费太少而大为不满；其实，章太炎因对孙中山平常处事较为专断早有意见，两人之间不睦已是公开的秘密，此次无非是借题发挥。
于是，章太炎与《民报》编辑张继等人一起发难，声讨孙中山“接受日本政府的贿赂，《民报》被出卖了”。
而不久，传来了黄冈起义、七女湖起义失败的消息，令同盟会内部议论纷纷私下嘀咕责在“指挥失误”。
且此时，为筹备钦、廉起义，孙中山在宫崎寅藏帮助下，已商定欲从日本购置村田式快枪二千支，子弹一百二十万发；这批军械在日本虽已经落后，但对于亟须武器装备的革命军来应该是求之不得的可用之物。
然而，由于章太炎等人对孙中山已有成见；于是，又趁机起哄了；指责：“孙某所购军火已被日人所淘汰，而今用于中国，岂不是枉送同仁性命？”并用《民报社》名义明码将此事《电》告香港《中国日报》，且警告道：“汰劣军械不能用，须停止另购。”
购买军械事属机密，章太炎竟然以明码泄露，迫使孙中山取消了这次军械采购。
对此，孙中山十分气恼；于是，指令胡汉民给同盟会东京本部发函谴责章太炎，并禁止章太炎等人干预军事。
但是，章太炎毫不示弱，与陶成章、张继等人联手掀起了一股倒孙风潮。
因此前，孙中山与黄兴曾就革命成功后所用国旗的图案设计问题发生过分歧；并因孙中山固执己见且出言不逊，险些令黄兴愤而退出同盟会。虽然，后来黄兴为顾全大局做出让步分解了矛盾；但宋教仁等人觉得孙中山待人处事，近于**，遂辞去了同盟会庶务干事之职，以表示对孙中山的不满；自此，同仁中开始对孙中山产生怨言而敬重黄兴了。
此事虽已过去多日，但仍令人难忘。于是，章太炎也欲利用同仁中的怨怼进一步对孙中山发难。
章太炎联络了陶成章、张继、宋教仁等人，欲在同盟会东京本部召集大会，以罢免孙中山的总理职务，而推举黄兴继任。
代理东京本部执行部庶务干事的刘揆一深恐由此引发内讧导致同盟会分裂，而不利于即将举行的钦州防城起义；因此，力加反对并与张继发生了扭打。
远在越南的黄兴闻知此事后，顾全大局地赶紧致函东京，郑重告诫章太炎等人：“孙总理德高望重，诸君如求取革命能获成功，切勿误会而须倾心拥护；兴为革命，断无奢求，诸君勿陷兴于不义。”
由于黄兴坦诚无私地表明心迹并拒绝出任同盟会总理，东京的倒孙风潮才暂时平息下来。
同盟会虽然度过了这场可能被分裂的风波，但双方的对立情绪依然存在；自此，同盟会内部就留下了一道难以愈合的伤痕。
倒孙风潮平息后，同盟会这才有精力再筹划在广东的钦州举行起义了。
此前，钦州名为三那墟的那黎、那彭、那思三地民众，为减免粮捐派出代表向官府请愿；谁知，官府非但没有满足民意却无理地把请愿代表扣押，从而激起了更大的民愤；于是，三那墟民众组织万人会，以刘恩裕为首举行抗捐斗争。
两广总督周馥即派广东巡防营统领郭人漳率兵镇压，刘恩裕率众抵抗却不敌而战死。
刘恩裕死后，三那墟的抗捐民众群龙无首了，赶紧派人与孙中山联系以求驰援。
此时，同盟会也正在筹划钦州防城起义；见三那墟民众已自发起义，现在事急而前来求援；于是，孙中山临时决定，即派广东邕宁人王和顺往援。
九月二日，王和顺抵达三那墟，即率起义军攻打防城；起义军破城后擒杀了防城知县宋渐元，并张贴《布告粤省之同胞
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