朱由校又要长时间离开京师，因此他必须要确保朝廷中的主要官员和机构，都是自己的人。
首先就是担任了天启朝近三年内阁首辅的王象乾致仕，虽然他很多时候都站在自己的对立面，可对于这个四朝老臣，朱由校还是给予了他足够的体面。
内阁次辅徐光启，自然而然的接替了他的位置，王在晋接替徐光启，程国祥正式入阁。
六部尚书及侍郎，朱由校没有动，因为这些位置上大部分本就是他提拔上来的人，一些中立的官员朱由校也没有合适的人选进行替换。
军队以及警部，也正式确定了所属职责。
羽林近卫军作为自己的亲军，由皇帝亲自掌管，四大营的参将，位同军镇总兵官，直接对皇帝负责，负责征战事宜。
城防军则是由军部管理，勋贵担任提督，首任提督自然是勋贵中年轻一代的领军人物，张世泽。
毕竟英国公一家也是忠心耿耿，自己继位之初以及初建羽林军时，如果没有张维贤鼎力支持，不会这么顺利。
城防军的职责则是负责京师外城区域的防卫工作。
而内城由御林军负责，到时马祥麟这个统领自然也是要随战出征的，因此这个留守京师的人选，朱由校这段时间一直拿捏不定。
勋贵已经掌握了警部和军部的话语权及兵权，这御林军自然是不能再让他们沾染的。
文官就更不用说了，京师的这三支军队，他费尽心思才把军权拿回来，是绝对不会再让他们有可乘之机的。
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