洲洲东部的红海一样，贝加尔湖的湖岸每年以两厘米的速度向两边拉开。贝加尔湖拥有作为许多海洋的典型特征——深不可测、巨大的库容、暗流、潮汐、强风暴、大浪、不断变大的裂谷、地磁异常等等。贝加尔洼地是不对称的，西部的坡面比东部更加陡峭。
从地质构造上看，贝加尔湖是一个断谷的凹部，一个深入到地下15～20公里深处的大裂口。贝加尔湖和它的汇水区是世界上一个独特的地质体系。贝加尔湖位于西伯利亚东部中心地区，距离其西南边的亚洲大陆地理中心乌鲁木齐县[2]约1600公里。贝加尔湖的山谷洼地是西伯利亚地区重要的自然屏障。这一自然屏障将不同的动植物区分开，在这里生长着许多独特的生物群落。
贝加尔湖位於一很深的构造山谷地带，四周高山围绕，有的高出湖面2,000米(6,560尺)。湖底沉积层厚达6,100米(20,000尺)。岸边有死火山遗址。
湖底谷地两岸地形不对称，西岸为陡坡，东岸坡势较缓。8%的湖底很浅，只有50米(160尺)深。曲折的湖岸线总长2,100公里(1,300哩)，在巴尔古津湾、奇维尔库斯基(Chivyrkuysky)湾和普罗瓦尔湾，以及阿亚亚(Ayaya)小港和弗罗里哈(Frolikha)小港等处有很大的凹入处。东岸有一半岛伸入湖中，名圣角(SvyatoyNos)半岛。湖中有27个岛屿，最大的岛屿是奥利洪达岛（长71.7公里，最宽15公里，面积约为730平方公里）。大乌什卡尼(BolshoyUshkany)岛面积8平方公里(3平方哩)。
地壳运动尚在继续，偶尔发生强烈地震；每年贝加尔湖大约会发生两千次地震，其中大多数地震都比较小，只有通过地震仪才能探测到。每隔十年到十二年会发生一次五级到六级的大地震，每隔二十年到三十年会发生一次七级到九级的灾难性大地震，有时震级可能还会更高。1862年和1959年中部湖盆曾发生过两次大地震。1959年，9.5级的大地震使湖底下降了十五米到二十米。1962年10级的大地震使色楞格北部河口区下沉了面积为两百平方公里的面积，又形成了深度为3米的Proval湾。地壳断裂处不断有新的热矿泉产生，湖底有洞穴和裂缝，地底热气从这些洞穴和裂缝中不断泄出，以致附近的水温增到10℃。
湖中有植物600种,水生动物1200种，在水面或接近水面有约600种植物，其中四分之三为贝加尔湖特有的，从而形成了其独一无二的生物种群，如全身透明的凹目白鲑和银灰色的着名珍稀动物贝加尔海豹等，各种软体动物、海绵生物以及海豹等珍稀动物。贝加尔湖中有约50种鱼类，分属7科，最多的是杜文鱼科的25种杜文鱼。大马哈鱼、苗鱼、鲱型白鲑和鲟鱼也很多。最值得一提的是一种贝加尔湖特产湖鱼，名胎生贝湖鱼。属胎生贝湖鱼科，由母鱼直接产下仔鱼。因而被称为“神圣的西伯利亚湖”。唯一的哺乳动物是贝加尔海豹。贝加尔湖区有320多种鸟。
贝加尔湖沿岸生长着松、云杉、白桦和白杨等组成的密林，这里河汊纵横，植物生长茂盛，覆盖度高。除距河口较远的上游区域有一些牧场外，当地基本保持了自然状态。
贝加尔湖两岸是针叶林覆盖的群山。山地草原植被分别为杨树、杉树和落叶树、西伯利亚松和桦树，植物种类达600多种，其中3/4是贝加尔湖特有的品种。贝加尔湖西岸是针叶林覆盖的连绵不断的群山，有很多悬崖峭壁；东岸多为平原。由于两岸气候的差异，自然景观也就迥然不同。
在这里，可以看到被称为贝加尔湖自然奇观之一的高跷树。树的根从地表拱生着，成年人可以自由地从根下穿来穿去。它们生长在沙土山坡上，大风从树根下刮走了土壤，而树根为了使树生存下来，却越来越深地扎入贫脊的土壤中。
在生物学家眼里,贝加尔湖不仅风光秀丽，在这里所发现的3000多种动植物中大部分属于特有品种。湖中盛产稀有生物物种。贝加尔湖是俄罗斯出产稀有物种最多的地方。这里的稀有物种多是特产，举世难寻，如味道最鲜美的秋白鲑、讨人喜爱的环斑海豹等等，数不胜数。虽是淡水湖，贝加尔湖却也生长有硕大的北欧环斑海豹和髭海豹。
胎生贝湖鱼
在贝加尔湖里数量最多的鱼是贝湖鱼。这是一种很小，像玻璃一样透明的鱼，其脂肪占了自身一半的重量。众所周知，深海鱼有能够摆脱重大水压的特殊水泡。贝湖鱼却没有这样的水泡，但是它能生活在很深的地方。五十亿贝湖鱼物种的总生物量大约是160000吨，此重量是是所有其它鱼加起来的两倍重。
胎生贝湖鱼还是一种通体呈半透明的小鱼。胎生鱼的特殊之处在于母鱼在繁殖期产出体外的不是鱼卵，而是可以自由活动捕食的幼鱼。在全世界已知的鱼类中，胎生鱼所占的比例非常小。
胎生贝湖鱼生活在水面以下50～1500米，广泛分布在贝加尔湖除湖岸附近的各个水域，是环斑海豹、秋白鲑等动物
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