在太平军弹尽粮绝之下，清军最终用地雷崩城，其间自己人也炸死数千。
城跨后，清军挥刀杀人，与太平军展开血战。
最终，近两万名太平军皆在城内战死。
林启容本人也在巷战中战死。
事后，清军剖尸验腹，发现许多太平军腹内粒米皆无，全是野草和青菜。
为此，胡林翼感叹道:“九江之贼，剖腹皆菜色。三日无米，究能坐困。兵不如贼，其理难通。”
作为徽赣门户的九江坚城一失，太平军的重镇安庆暴露于外，岌岌可危。
咸丰七年，出走的石达开本人率大军正在安庆，但他对于江西太平军节节败退的局势置之不理，自顾率大军进入浙江往福建方向移动，以至于瑞州、临江、抚州、吉安等战略要地皆被清军所克，太平天国在江西的失败成为定局。
那时候，洪秀全后悔莫及，忙把两个哥哥削去王爵，又派人送“义王”金牌到石达开营中，乞求他回援。但石达开已经寒心，置之不理。
洪秀全只得选拔新的将领，升陈玉成为“又正掌率”，升李秀成为“副掌率”，把杨秀清之族弟杨辅清以及韦昌辉亲弟韦志俊统统任用，大有不计前嫌之意。为重整旗鼓，洪教主恢复了早期“五军主将”制度，封蒙得恩为中军主将、陈玉成为前军主将、李秀成为后军主将、李世贤左军主将、韦志俊右军主将。
陈玉成于咸丰八年与韦志俊率军一起在湖北攻占麻城，直逼武昌。
李秀成方面，提军出南京后，拼死抢回为清军占领的和州，并乘胜攻克全椒、滁州等地。
同年，陈玉成自安徽潜山出发，李秀成从全椒出发，二人于乌衣会师，一起合击德兴阿所部清军，杀清军数千人，得胜而前。随即乘胜至江浦西北的小店，一鼓而下浦口。
九洑州方向的太平军借势渡水来帮战，三方合力，在浦口杀掉清军兵将约一万多人，二破江北大营。继之，江浦、天长、扬州，六合尽入太平军之手。
至此以后，朝廷裁撤江北大营建制，江北军务统由江南大营的统军和春辖理。
太平军摧跨清军江北大营，克捷连连，但在庐州却遭了很大压力，湘军勇将李续宾率军赶往庐州会援。至十一月间，李续宾及所部六千余人在庐州三和之役被太平军歼灭，锐气顿减。
太平军破江北大营之后，江南大营的威胁扔在，太平天国的首都天京扔仍处于清军包围之下。如此，李秀成想出“围魏救赵”之计，他自率一支大军自浦口杀向芜湖，然后与他的堂弟左军主将李世贤分别往浙江行进。连陷安吉、长兴、湖州后，李秀成留李世贤一军留守湖州一带做牵制之用，他自己提一军冒穿清军兵服，沿莫干山东麓，直向杭州杀去。
各路军势如破竹。
5月5日，天京城内外太平军十余万人里外冲杀，把得胜门至江边是清军数十座营垒尽数踏平，一上午就杀掉清军一万余人。
清将张国梁派军驰援不得进，就拆毁上方桥，准备固守城东的小水关大营。
结果，太平军当夜集军猛攻，火药轰发，杀声阵阵，奋不顾身地四面杀至，江南大营第二次被太平军击垮。
江南大营第二次被击溃，统帅和春自杀，勇将张国梁战死，清廷陷入困境。
和春之死，给予了曾国藩和湘军最大的历史机会!
湘军首领曾国藩因为是汉人关系，为清廷所忌，一直不得重用。
和春自杀后，时任两江总督的何桂清也像兔子一样狂逃不止，太平军凭锐乘胜，连克丹阳、常州、无锡、苏州、江阴、嘉定、青浦、松江等地，整个苏南地区除上海以外，基本都为太平军所占领。
如此大溃之下，江南地区急需一员德高望重的官员代替何桂清充任两江总督，于是朝廷想到了胡林翼。幸亏时任协办大学士的咸丰宠臣肃顺有才略，他劝皇帝说:“湖北之事，全赖胡林翼，不可轻动。不如用曾国藩为江督，如此，长江上下游均有得力之人。”
江南大营的二次得破，太平军上下情绪高昂咸丰十年5月15日，李秀成自统数万大军东征苏常地区。仅仅用了一个多月的时间，除上海弹丸之地外，苏南所有地区尽为太平军攻克。
苏常不仅仅是赋税大区，又为数省咽喉要地，至此，这一广大地区每年近200万石的漕米供应，再也抵达不了满清统治的北方地区。而太平军方面，由于手中钱多粮多，可以大量从洋人手中购买新式武器，又可以养大量新兵，所以，李秀成得意扩军充众，不断壮大力量。
咸丰十一年底，李秀成率领20多万太平军，第二次攻克杭州，浙江巡抚王有龄、署布政使麟趾、按察使宁曾纶、提督饶廷选、总兵文瑞等数十大员，不是自杀就是被杀，布政使林福祥等人被活捉。
坚守内城的杭州将军瑞昌这次再无上次好运，太平军利用人海战术，踩着叠尸攻城，终于攻陷杭州内城，瑞昌等将领自杀，几万满人兵眷皆被屠戮一空。不过，李秀成敬重巡抚王有龄的为人，厚殓其尸，给船十
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